性交时的挤压容易使女性尿道受伤，并会将尿道周围或尿道前端的细菌带入膀胱。生存于阴道内的细菌，亦可因性交被带到尿道口。如果性生活过频，还会使膀胱抵抗能力下降，感染细菌的概率明显增加。通过性行为感染的尿道炎即称之为性尿道炎，性尿道炎的潜伏期大约是３至１０天，有些人可能短到只有１２小时，而有些人却可长达３个月。大部份的尿道炎是因为通过性接触感染，和女患发生性行为的男性约有20％的人会受到感染，反之和男患发生性行为的女性约有80％会受到感染，这与女性的生理解剖特点有密切关系。
　　非性尿道炎的潜伏期一般在７至２１天，且受到感染后的尿道分泌物量也比较少。值得注意的是，不论是性或非性尿道炎，有一部分的病患受感染后，本身没有任何症状，容易使患者错失治疗时机并通过这种传播途径传染给他人。